Manipulacja to procedura stosowana przez eksperymentatora w trakcie eksperymentu, polegająca na stosowaniu różnych bodźców eksperymentalnych (lub tych samych, ale o różnym stopniu natężenia), w celu sprawdzenia reakcji uczestników badania. Innymi słowy manipulacja polega na stosowaniu różnych zmiennych niezależnych (bodźców eksperymentalnych), aby ustalić w jaki sposób może to wpływać na zmienną zależną (zachowania, reakcje i opinie osób badanych). Jest dość oczywiste, że bez manipulacji większość badań eksperymentalnych nie miałaby większego sensu.

Niemniej w badaniach eksperymentalnych przykłada się dużą wagę do tego, aby procedura manipulacji nie wiązała się z naruszeniem etyki badawczej, a zwłaszcza zagrożeniem bezpieczeństwa uczestników eksperymentu. Opinie co do granic dopuszczalnej manipulacji w eksperymencie są rzecz jasna podzielone. Przyjmując założenia utylitarne, niektórzy badacze dopuszczają się ryzykownych eksperymentów i manipulacji z tym związanymi, zakładając, że uzyskane wyniki będzie można wykorzystywać z pożytkiem dla społeczności. Do historii przeszedł m.in. eksperyment więzienny Philipa Zimbardo z 1971 roku, czy też tzw. eksperyment Stanleya Milgrama z 1961 roku, w których zastosowane techniki manipulacji wzbudziły dość powszechną krytykę w środowisku badawczy.